Las Tablas de Daimiel y Villarrubia pueden considerarse, dentro de una clasificación hidrológica-estructural de los humedales, como un "hidrohumedal de recarga"; en teoría, con disposición plurianual de agua superficial, que recarga constantemente el acuífero infrayacente. Aunque en los tiempos actuales, a veces se asemeja más a un "higrohumedal", de recarga temporal.

Las Tablas de Daimiel y Villarrubia están formadas por las aguas de dos ríos de diferente naturaleza, lo que las convierte en un ecosistema privilegiado: el agua del río Gigüela que procede de los páramos de Cabrejas en la serranía conquense aporta aguas salobres, mientras que el río Guadiana aporta aguas dulces que surgen de sus ojos aproximadamente a unos quince kilómetros al norte del parque nacional, en el término municipal de Villarrubia de los Ojos.